Комиссия была образована в 2006 г. Решением #ЭГС от 29 декабря 2006 г. № 4. В то время Комиссия ещё не являлась отдельным юридическим лицом. Первый состав – председатель (Босхамджиев Юрий Очирович) и два аудитора (Леонтьева Раиса Федоровна и Манджиева Зинаида Петровна).

В разное время в Комиссии в должности аудиторов работали: Мухаринов Артур Юрьевич (01.2010 - 06.2012), Кагалтынов Юрий Николаевич (01.2010 - 01.2019), Шурганов Николай Басанович (10.2012 - 01.2013), Мучкаев Санал Николаевич (07.2013 - 09.2016), в должности старшего инспектора Натыров Антон Артурович (08.2017 - 09.2019).

С января 2010 г. по январь 2020 г. КСК возглавлял Алексеев Евгений Викторович.

В 2019 г. Комиссия была реорганизована в МКУ, а в 2022 г. – в отдельный орган местного самоуправления, обладающий организационной и функциональной независимостью.

Сегодня Комиссия состоит из 5 штатных единиц: председатель, аудитор, главный инспектор, специалист по кадрам, водитель. С ноября 2020 г. Председателем КСК является Джанджиева Индира Петровна.

Направления деятельности Комиссии: экспертиза муниципальной программы города, контроль за реализацией муниципальных программ, аудит в сфере закупок, аудит эффективности.

Планируется продолжить сотрудничество с другими контрольно-счетными органами в рамках Союза муниципальных контрольно-счетных органов ЮФО.